DictionaryForumContacts

 HeneS

link 23.07.2019 14:48 
Subject: "Бластинг" - куда? immunol.
Добрый день!

Недоумеваю, как перевести вот этот вот "бластинг"

Blasting this epitope into Blastp from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) reveals that it is a highly conserved epitope with 100% homology within the top 100 blast hits corresponding to HERV-K-Env sequences

Насколько могу догадаться, речь идет о выравнивании и сравнении последовательностей. Но этот вот оборот "blasting... into" вводит в ступор...

Спасибо!

 HeneS

link 23.07.2019 15:01 
Погуглил тут...

Вот так похоже на правду?

Сравнение этого эпитопа с использованием сервиса Blastp из базы данных NCBI выявило, что он представляет собой высокостабильную антигенную детерминанту, со 100% гомологией соответствуя в пределах верхних 100 бласт-хитов последовательностям HERV-K.

(Ужжжжос-ссс)

 xand

link 23.07.2019 15:16 
Это профжаргон (мы в лаборатории применяли кальку «бластовать»).

BLAST - это компьютерная система сравнения последовательностей (нуклеотидных, аминокислотных и т.п.). В Вашем контексте под blasting подразумевается «взять последовательности, запихать их в этот BLAST и сравнить».

 HeneS

link 23.07.2019 15:28 
Спасибо, xand! А мой вариант у Вас профессионального рвотного рефлекса не вызывает? (в частности, заключительная часть фразы)?

 xand

link 23.07.2019 15:43 
Я бы ничего не понял.

Попробуйте сформулировать по такому алгоритму:

Вашу последовательность прогнали через БЛАСТ для сравнения с последовательностью этого  HERV-K-Env

Выяснилось, что она представляет собой эпитоп с высокой степенью консервативности, со 100% гомологией, и входит в число «top 100 blast hits»

Теперь становится веселее.

Результаты сравнения последовательностей выводятся по степени гомологичности, по нисходящей.

top 100 blast hits - это первые 100 результатов сравнения, которые дают максимальную степень структурной гомологии (самая высокая степень совпадения с изучаемой последовательностью)

Ваша последовательность попала в эту сотню.

Теперь нужно это все как-то в кучу слепить, попробуйте.

 HeneS

link 23.07.2019 15:55 
ОК, понял, благодарен премного!

 

You need to be logged in to post in the forum