1. Оригинал - All the Primavera settings and preferences to structure the Works as well as the schedule options will be proposed by the Bidders in their Bids and agreed during contract negotiations.

В этом предложении не понимаю, что к чему относится в начале предложения (до as well as)
В общем, у меня получилось: Все настройки и предпочтения по структурированию Работ программы Primavera, а также…

2. Joint schedule – переводится как «Совместный график»?
Контекст здесь не очень хороший, потому что соответствующий раздел еще не сделан, в общем
Joint Scheduling
[Note to Bidders: terms regarding a process for developing and maintaining a joint schedule management system and joint schedule to be developed and agreed by the Supplier and Owner as described in the BIS and incorporated into this Appendix prior to signature of the EPC Contract.]

3. Про планирование методом набегающей волны я читала, но фразы с window не уверена, как нужно перевести

Activities within the ‘rolling wave’ window shall be planned and scheduled with the full level of detail for preparation, updating and reporting of the Works Schedule described in this Appendix 1

Операции в окне «набегающей волны» ?

Activities outside the ‘rolling wave’ window shall be planned and scheduled at a level of detail at least sufficient to produce Level 2 DPTS reports

Операции вне окна «набегающей волны» ?

принцип скользящего планирования

http://www.jiscinfonet.ac.uk/infokits/project-management/planning/sliding-planning-window/

как я понимаю, "окно" здесь писать вообще не надо
"виды деятельности, к которым не применяется принцип скользящего планирования,...."