The event abdominal pain and gingival bleeding were both reported in 1 case and both cases were
confounded by concomitant medication.
Т.е. имеется в виду, что у одного человека (=1 case) возникло сразу два нежелательных явления, нет? Не понимаю.
А вторую часть предложения - про both cases - тогда как понять?

Дальше: Two cases were received reporting the event gastritis; however both cases were confounded by the "Были получены сообщения о двух случаях явления гастрита"? Как это?

Я бы написала примерно так: Было получено два сообщения, оба из которых включали в качестве побочного явления гастрит (посмотрите по тексту, скорее всего, побочное, далее сокращается как "ПЯ").

Хотя все индивидуально, зависит от требований заказчика

У пациента при приеме препарата возникла боль в голове и тошнота. Он, другие лица либо наблюдающие его медицинские работники могут составить сообщение об этом случае (case), которое будет иметь медицинское подтверждение (medically confirmed) или не иметь его, и направить его производителю, в регуляторные органы (которые переправляют его производителю) или опубликовать в литературе (где его находит производитель). Данное сообщение содержит описания нежелательных явлений (adverse events), которые рассматриваются впоследствии компанией-производителем на предмет наличия причинно-следственной связи с применением препарата, и если таковая подтверждается, то они становятся нежелательными лекарственными реакциями (adverse drug reaction) и регистрируются/включаются (list) компанией в справочной документации по препарату (SPC и т.д.). Line listing - табличный перечень, где указан номер сообщения, данные о пациенте, данные о терапии и описание зарегистрированных НЯ (обычно приводится в приложении к ПСУР).