и either тут, простите, никаким боком.

+ о каком отрицании вы говорите?.. в приведенном куске предложения не содержится отрицания - просто излагается инфа.

(пример отрицания: "Это не мой мопед".))

о пользе "большего контекста"
А я-то как понял иначе, что помимо того, что компания не сделала/не согласилась сделать нечто, она также "не согласилась выполнять свои обязательства по Договору", а "в связи" - есть объяснение, почему она "не согласилась выполнять свои обязательства по Договору"

сравните два отрывка

"Компания отказалась предоставить дополнительную информацию. Компания также не согласилась выполнять свои обязательства по Договору в связи с тем, что эти действия находятся вне их полномочий."

и

"Компания отказалась выполнять свои обязательства по Договору, ссылаясь на форс-мажорные обстоятельства. Компания также не согласилась выполнять свои обязательства по Договору в связи с тем, что эти действия находятся вне их полномочий."

Значение слова "также" в приведенных отрывках разные. В первом отрывке компания отказывается предоставить информацию и КРОМЕ ТОГО - выполнить обязательства, во втором - она отказывается выполнять обязательства из-за форс-мажора РАВНО КАК и из-за отсутствия у нее (кстати, почему у вас "у них"?) соответствующих полномочий.

Неужели вы не видите разницу? Вне контекста возникшие у вас сомнения разрешить не представляется возможным, так как невозможно однозначно понять смысл этого высказывания.