If a part of the employees are engaged in working in other segments-programmes (one or more), their expenses ( salary and other costs) should be allocated to the segments in which the employees are engaged.

Такой вариант мне кажется не очень удачным: Если часть сотрудников занята в работе по другим направлениям деятельности (участие в одной или более программах производства*).........
*программа производства переведена с опорой на предыдущий контекст: Segment information (information for separate production programs, i.e. Profit centres)

Заранее благодарю!

Обычно в официальной речи используется слово "работник". См. Гражданский кодекс.