Выражение встречается в следующем контексте:
The primary end point was safety with regard to intussusception, with nested adverse event and clinical efficacy substudies.

Это описание исследования вакцины.

Заранее спасибо

Т.е., смысл предложения примерно такой:

Основным результатом исследования считали безопасность в отношении событий инвагинации, а связанные с нею нежелательные явления и клиническая эффективность изучались на его отдельных этапах.