Часто work instruction - инструкция по эксплуатации, руководство по эксплуатации.

В данном случае "рабочая инструкция по контролю за работой субподрядчиков" звучит нормально, хотя что она включает - неизвестно, поэтому и называться может немного по-другому.

2 Julianna: Сразу оговорюсь, что в бухгалтерско-финансовых вопросах я слабоват, поэтому я делаю лишь предположения, основанные на грамматическом анализе отрывка.
Я понял из Вашего отрывка (по частице of), что это "Рабочая инструкция по обработке документов субподрядчиков". То есть, что это инструкция для генподрядчика, как ему обращаться с документами, поступающими от субподрядчиков. А может и более общий вариант применить: "Рабочая инструкция по обработке документооборота в отношениях с субподрядчиками". Еще возможен вариант (более близкий к дословному переводу), что речь идет вообще обо всех отношениях с субподрядчиками, не только о документах. Тогда будет "Рабочая инструкция по взаимодействию с субподрядчиками". Может, у Вас дальше появится разговор о том, что субподрядчик обязан полносттью убирать за собой территорию в конце каждого рабочего дня и т.п.