"Заявка со всеми приложениями должна быть представлена во внутреннем конверте с внешним конвертом"
Имеется в виду заявка на участие в тендере.

The application and all attachments thereto shall be placed into/submitted in the inside envelope....?

Внешний и внутренний конверты разграничиваются далее по тексту по адресу, наименованиям и пр.