*слова в предложном падеже отвечают на вопрос О КОМ? О ЧЕМ?
(Вместо предлога "о" можно взять и другие: на ком? на чем? в ком? в чем? и т.д.) "Суть" именно в этом*

Пытаюсь понять в чем суть, которая в "этом".

Суть в наличии предлога, нет?
Очевидно, нет, ибо контрпримеры: из лесу, из леса, от станка, у станка, в сундук, об сундук (и миллион других) - явно не предложный падеж.

Суть в вопросительном слове "ком"/"чем", а не предлоге?
Но очевидно, что предлог игнорировать нельзя, ибо простая смена предлога требует немедленно смены окончания (и даже уларения, но на этом я не настаиваю):
о мозге, но в мозгу, о порте, но в порту, операция на носе (пациента), но капитан на носу (корабля), и т.п.

Кроме того, вопросительное слово само по себе не определяет однозначно падеж, например: "что?" в именительном и винительном падежах.

Так вы сможете сформулировать суть словами, чтобы понятно стало?

Вот именно, что определяет.

А пытаться определить падеж по окончаниям - неверный подход. Не с той, так сказать, стороны.

Это все равно что классифицировать, скажем, кошек по их цвету (масти). Бывают кошки белые, серые, рыжие, пятнистые, полосатые и т.д. Что ж теперь, для каждой создавать свой топоним? Нет, конечно. Всё равно ведь это всё кошки. И если одни слова в предложном падеже имеют окончание на -у, а другие на -е, но все они отвечают на вопрос "ком/чём?", они всё равно относятся к этому падежу.

там дело явно не в количестве, еще раз напишу

ведь 43 года и 84 тоже года, но 105 лет; 31 год, но 11 лет
ну или 31 шкаф, но 11 шкафов
т.е. со счетным падежом тоже не все так просто.

Если разные слова имеют разные окончания - не страшно, придумаем правило, как их отличить. Например, слова разного рода (м.ж.ср.) имеют разные окончания. На и ладненько. Падеж все равно один, не вопрос.

А вот ежели одно и то же слово, отвечающее (формально) на один и тот же вопрос "ком/чём", может, сочетаясь с разными предлогами, принимать разные (но вполне конкретные) формы и иметь разные (но вполне определенные) значения?

Примеры я уже приводил: о мозге, но в мозгу, о порте, но в порту, операция на носе (пациента), но капитан на носу (корабля), и т.п

Каков глубокий смысл объединения всего этого в один падеж? Что этим достигнуто? Якобы упростили классификацию? Но такая классификация не помогает ни язык изучить, ни программу для компьютера написать.

Сначала появился язык. Формировался много веков. Классификация была составлена уже потом, на основе имеющегося материала.
Вот когда компьютерные технологии будут иметь за плечами столько же веков, что и язык, они, может быть, и будут иметь право диктовать грамматические правила (хотя тоже сомнительно).
Русский язык и раньше учили, и сейчас учат. И увеличение количества падежей до 185 штук в этом никак не поможет. Скорее уж наоборот.

система счисления - это мелкая деталь. падежи - така ж фигня, нишевое понятие, т.е. существенное только в определенной области.

а модели и классификации - вещи искусственные изначально, их можно строить бесконечо много, в зависимости от задач. (и в этом смысле 17:09 ++++)