while the southern elite was marginalised from access to the state and resorted to armed struggle

generating resentment amongst marginalised people.

President feared that he у was building a bigger coalition with representatives from the marginalised areas in the north
(тут тоже области не просто удаленные географически, а ... обделены что ли.. Пока что изголяюсь со словом - изоляция и изолированный, но чувствую, что это не совсем верно окрашенный термин, а маргинализированные области - звучит просто ужасно!!!)

which de facto marginalised the south - маргиназизовала юг

southern elite was marginalised from access to the state - отстранена от/исключена из процесса принятия государственных решений/государтственного управления.

representatives from the marginalised areas in the north - бедных северных областей.

Такое ощущение, что речь об Италии.

Поэтому, возможно, перевести так:
which de facto marginalised the south - которая де-факто поляризировала юг/разделила общество на обособленные социальные группы на юге

while the southern elite was marginalised from access to the state and resorted to armed struggle - вариант Redni или
...была представлена лишь небольшими обособленными группами
в процессе принятия государственных решений/государственном управлении

generating resentment amongst marginalised people - ...среди маргинальных групп

President feared that he was building a bigger coalition with representatives from the marginalised areas in the north -
...из представителей, представляющих интересы лишь небольших групп северных территорий