Мы изначально исходили из того , что юридических оснований предъявлять претензии к ...

Мы изначально исходили из того , что у клиента нет ничего, кроме мессенджера... 

 Составляя план подготовки, мы  изначально исходили из того , что первый этап состоится, в лучшем случае, в конце января. Мы изначально исходили из того , что надо просто привлечь к этому случаю внимание

Может есть некое set expression? Подойдет ли  - We understood from the start ...   

We originally assumed that...

It was our presumption that...

From the [very] beginning, we kept in mind that our main goal is

From the beginning, we acted on the assumption that there were no legal grounds to file claims to

From the beginning, we presumed that a messenger was all the customer had access to

As we draw a preparation plan, we kept in mind from the start that the first phase would take place in late January at best.

From the beginning, it was our assumption/belief that we only need to get attention to this case

Мне кажется, если начинать утверждение с "original", то потом скорее должно следовать опровержение, дескать, изначально мы думали так, а оказалось эвоно как. 

В принципе, беглый гуглеж по "It was my original assumption" это подтверждает.

Our guess was that...

И носитель, скорее всего, так и  скажет в беседе с вами

А что, в тексте так и идет два раза подряд " мы  изначально исходили..."? Или это Вы просите нас накидать варианты накидать варианты на все все случаи жизни?

Тогда нужен контекст для "изначально", как минимум.