the Guidelines - новые "Руководящие принципы...", документ.
the two governments - США и Япония

Вместе с тем, поскольку целью новых "Руководящих принципов..." является создание эффективного рамочного механизма двустороннего сотрудничества, документ предполагает надлежащее отражение США и Японией в их специальных документах и действиях с учетом их собственных усмотрений результатов этих усилий.

framework for bilateral cooperation переведен как "рамочный механизм двустороннего сотрудничества" (другой вариант - "рамочная основа для двустороннего сотрудничества")
are expected - предполагает
based on their own judgment - "с учетом их собственных усмотрений", но, может, "по их собственному усмотрению" и поставить в конец предложения?
policies - убежден, что это регламентирующие документы, такие как Стратегия национальной безопасности, всевозможные доктрины, планы действий.
specific - не уверен, что это "специальный". Есть ли не специальные, не конкретные документы? Все документы, по-моему, специальные, конкретные. Может, поэтому specific нужно перевести как "соответствующие"? Но тогда возникнет вопрос - соответствующие чему?
results of these efforts - результаты этих усилий. Из предложения не слишком ясно, о каких усилиях идет речь. Усилия - это создание рамочного механизма?

based on their own judgment - оговорка, что решения принимаются правительствами самостоятельно, однако в рамках "Руководящих принципов"