США и Япония обеспечат постоянную и эффективную координацию Альянса на общегосударственном уровне, включая все соответствующие учреждения.

Или: США и Япония обеспечат постоянную и эффективную координацию Альянса на общегосударственном уровне со включением всех соответствующих учреждений.

Тогда: США и Япония обеспечат постоянную и эффективную координацию Альянса на уровне всех правительственных ведомств, включая все соответствующие ведомства.

Или: США и Япония обеспечат постоянную и эффективную координацию Альянса на уровне всего правительства, включая все соответствующие министерства и ведомства.

Или: США и Япония обеспечат постоянную и эффективную координацию Альянса на уровне всего / при участии всего государственного аппарата, включая все соответствующие ведомства

а у вас зачем наворачивать уточнения, если можно просто сказать "правительственный", что и имеется ввиду, с уточнением, что прям всех-всех-всех структур касается на этом уровне (не только силовиков, не только министерств, т.д.)

Но зачем говорить "правительственный", а затем уточнять, что "прям всех-всех-всех структур касается на этом уровне". По-моему, если говорят "на уровне правительств", то и имеют в виду все министерства, ведомства. Правительство = все министерства/ведомства.

На мой взгляд, фраза that includes all relevant agencies как раз указывает на то, что хотя речь идет об уровне всего правительства, координация альянса будет зависеть от конкретных ведомств. Т. е. уточнение не в том, что "прям всех-всех...", а в том, что отвечают за координацию конкретные ведомства. А именно внешнеполитические и оборонные ведомства каждой стороны.

Поэтому я бы перевел "как координация Альянса на уровне правительств с участием всех заинтересованных/соответствующих ведомств"; или "координация Альянса на правительственном уровне, включая все соответствующие ведомства".

Если правительства сотрудничают, это еще не означает, что каждое министерство сотрудничает с подобным министерством другой страны. А тут как раз тот случай, когда прямая связь между соответствующими министерствами двух стран, а не через дипломатов или руководителей правительств.

Здесь же речь идет о прямой координации между министерствами, ведомствами обеих стран, как правильно указывает Amor71.

Поэтому whole-of-government - это, действительно, на уровне всех министерств и ведомств, а that includes all relevent agencies - конкретизация, что хотя координация и происходит формально на уровне всех ведомств, но по факту в ней участвуют только заинтересованные ведомства - минобороны и МИД, а также и другие ведомства при необходимости.

Вот так еще пишут о whole-of-government coordination: The guidelines also seek to improve coordination between the U.S. and Japan.

“We will be establishing a standing alliance coordination mechanism, which will operate from the cabinet level down and will include representatives from the foreign and defense ministries, as well as from the militaries,” the official explained. “This new coordinating body will help us cooperate together more seamlessly and more effectively as allies.”

The body can also include members from other agencies and departments as the need arises, the official noted.

The guidelines specify a “whole of government” approach, which will knit the two countries together at the civil and military levels. A new aspect of the alliance is the Alliance Coordination Mechanism, a shared set of procedures devoted to streamlining and increasing coordination between the U.S. military and the SDF.

Поэтому считаю, что нужно перевести как "координация на уровне всех правительственных ведомств, включая все заинтересованные ведомства".