затрудняюсь подобрать грамматическую конструкцию в основной части условного предложения. Суть в том, что если два сайта оказались в наше время взаимосвязаны, то это значит, что в прошлом они развивались согласованно. Внизу оригинал и перевод, спорная часть выделена в квадратных скобках.

Русский источник:
Подход основан на предположении, что если два сайта в структуре белка функционально связаны, то соответствующие аминокислотные остатки в гомологичных белках [должны были коэволюционировать] в процессе развития от общего предка и эта корреляция может быть выявлена с помощью статистического сравнения аминокислотных последовательностей.

Мой перевод:
The approach is based on the assumption that if two sites in a protein structure are functionally related, than the corresponding amino acid residues in homologous proteins [would have had] to coevolve during evolution from a common ancestor and this correlation can be detected by statistical comparison of amino acid sequences.

Спасибо за советы