The costs should be determined by the individual weapon system or equipment acquisition contract life-cycle phase, with the highest cost being reflected during the engineering and manufacturing development phase when the major design effort and supporting part selection effort occur.

Затраты должны определяться ???отдельной системой вооружения (это как?) или этапом жизненного цикла контракта на закупку ВТ по самой высокой стоимости, отражаемой во время проектирования и этапа технологической разработки, когда происходит основное проектирование и действия по выбору компонента.

запуталась, слишком сложное предложение для меня(((

[individual] weapon system or equipment acquisition contract life-cycle phase
=
phase OF life-cycle OF acquisition contract OF { weapon system or equipment }

individual намеренно оставлено, потому что вопрос отдельный - можно спорить куда оно относится.
имхо individual acquisition contract