Sign in | English | Terms of Use
DictionaryForumContacts

 ochernen ✉

link 15.01.2011 19:50 
Subject: Срочно вопрос к специалистам в области химии и микробиологии: N-terminal Sequencing Подскажите пожалуйста и проверьте перевод
Перевожу название вот этой процедуры
N-terminal Sequencing (SOP ODE-2705 and ODE-2666)
перевел как N-концевое секвенирование (СОП ODE-2705 и ODE-2666)
Далее идет описание процедуры.
Даю оригинал и свой вариант:
Procedure
Samples are absorbed onto a ProBlott membrane using a ProSorb apparatus. After staining with Ponceau S, a portion of the membrane disc is placed in a PE-ABI Procise sequencer Blot cartridge. The sample is analyzed by gas-phase blot cycles using the Applied Biosystems 494 HT Procise Protein Sequencing System. Absorbance is monitored at 269 nm.

Calculations
The standard peaks are labeled. Using a visible light box, residue 1 is overlayed onto residue 2 and the peak height differences between the 2 are marked. A circle is made above the amino acid that is taller than the 1 underneath it. Residue 2 is overlayed onto residue 1 and the peak height differences between the 2 are marked. A circle is made above the amino acid that is taller than the 1 underneath it. This process is repeated sequentially until all residues are analyzed. The marked amino acids are overlayed onto the labeled Standard peaks, and the circles are filled with the appropriate amino acid. The sequence(s) is recorded.

Процедура
Образцы абсорбируют на мембране ProBlott с использованием аппарата ProSorb. После окрашивания красителем Понсо S, часть мембранного диска помещают в картридж для блоттинга секвенсера PE-ABI Procise. Образец анализировали в ходе циклов блоттинга газовой фазы с использованием системы секвенирования белков Applied Biosystems 494 HT Procise. Абсорбцию отслеживают на длине волны 269 нм.

Расчеты
Выполняют мечение пиков стандарта. С использованием прибора для просвечивания в видимом диапазоне, остаток 1 накладывают на остаток 2 и отмечают разницу в высоте пиков между 2 остатками. Наносят окружность над аминокислотой, т.е. выше, чем 1 внизу. Остаток 2 накладывают на остаток 1 и разницу в высоте пиков между двумя остатками отмечают. Наносят окружность над аминокислотой, т.е. выше, чем 1 внизу. Эта процесс повторяют последовательно до тех пор, пока не проанализируют все остатки. Отмеченные аминокислоты накладываются на меченые пики стандарта, и получают окружности, заполненные соответствующей аминокислотой. Последовательности регистрируют.

Я не могу понять как рисуют эти кружки или кружки ли они вообще (т.е. это что-то отмечают там а потом путем наложения сравнивают и получают то что надо....????)

Описание метода на английском с иллюстрациями пошаговыми тоже что-то никак..

Вобщем просьба проверьте Пожалуйста перевод и разгромите его попутно подсказав, что и как...
Извините за такой КУСОК текста.
С искренним уважением, ochernen

 ochernen ✉

link 15.01.2011 20:00 
То есть это получается что сделали один трафарет (естественно в ходе исследований, отметив там нужные данные (кружочками)), потом второй аналогичный трафарет, потом третий и т.д. для всех остатков..
А потом.....Отмеченные аминокислоты накладываются на меченые пики стандарта, и ........то что попало в "кружочки" и есть искомое..
Так что-ли???

 ochernen ✉

link 15.01.2011 20:23 
Еще Repetitive yield что это ?? Это из того же метода только абзацом ниже..
Контекст:
Repetitive yield, precision of retention time and specificity are evaluated by sequencing beta-lactoglobulin.
Заранее спасибо.

 OlgaAvdeeva ✉

link 15.01.2011 20:35 
Блоттинг совсем не знаю, но некоторые замечания есть:
1. N-концевое секвенирование -- определение N-концевой последовательности аминокислот ( это не ошибка, дело вкуса)
2. Абсорбцию отслеживают на длине волны 269 нм -- оптическую плотность измеряют при длине волны 269 нм.
Дальше я пас.

 ochernen ✉

link 15.01.2011 20:38 
To OlgaAvdeeva: Спасибо!

 ochernen ✉

link 15.01.2011 21:23 
Уважаемые Коллеги есть еще варианты????

 OlgaAvdeeva ✉

link 16.01.2011 9:28 
Александр, по-видимому у Вас секвенирование проводят автоматизированным методом деградации по Эдману, ссылок с описанием этого метода много. Смысл метода в повторении циклов отщепления аминокислот с N-конца и хроматографическом определении образующихся аминокислот.
Никаких трафаретов там нет, это пики стандартных образцов аминокислот, их вводят, чтобы потом определить, какие именно аминокислоты получились в результате многократных циклов расщепления исследуемого белка и подписать их названия в кружочках над пиками (the circles are filled with the appropriate amino acid).
Пики не меченые, а подписанные.
Residues здесь - остаток белка после очередного цикла отщепления аминокислоты с N-конца, они становятся все короче, а количество аминокислот все увеличивается.

Непонятно только, зачем они это вручную делают, неужели у них программы нет. Адский труд, наверное.
Про метод Эдмана почитайте, попонятней станет.

 OlgaAvdeeva ✉

link 16.01.2011 9:50 
Вот здесь описаны эксперименты, аналогичные Вашему:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2291652/pdf/v012p00040.pdf

http://www.chem.agilent.com/Library/applications/59653465.pdf

У Вас методика изложена с пропусками, поэтому неспециалисту трудно понять смысл.

 ochernen ✉

link 16.01.2011 10:39 
To OlgaAvdeeva: Спасибо!!!! Огромное Спасибо!!!!
п.с. ...лирическое отступление....Вы правы мне действительно трудно понять смысл, но я пытаюсь ёлки-метелки...У меня с этим текстом за последние три дня в мультиране больше постов чем за весь предыдущий год наверное...
Еще раз спасибо за помощь.
С искренним уважением, ochernen

 

You need to be logged in to post in the forum

Get short URL