Оригинал:
В том случае, если стороны не смогут достичь согласия по спорному вопросу, то возникшие разногласия подлежат рассмотрению в суде страны регистрации истца, с применением материального и процессуального права этой страны.

Перевод:
If the parties will fail to reach a consensus over the issue the arisen difficulty is/are (не могу понять какое число) subject to consideration in the court at the plaintiff's domicile applying substantive and procedural laws of this country.

Аскер, у Вас все не безнадежно, но есть грубые ошибки:

If the parties WILL fail to reach a consensus - mind your grammar!

В юр. документах в данном случае не пишется consensus

If the Parties fail to reach an agreement on...

Вы не поверите, но difference - это именно разногласия в спорном вопросе, в чем я не раз убеждался из нативных документов. Спорить, однако, не полезу - универсальные термины редки.